SE je zkratkou pro „Special Edition“. iPhone SE je dostupný v barevných variantách jako souběžně prodávaný iPhone 6S, tedy ve vesmírně šedé, stříbrné, zlaté a růžově zlaté. Telefon svými rozměry pevně kopíruje iPhone 5S, váha je prakticky stejná. Smartphone byl nabízen ve dvou paměťových variantách: 16 GB a 64 GB.